Il palazzo Caetani di Cisterna rappresenta la più solida testimonianza della presenza della famiglia in quella che a lungo fu identificata come Terra di Cisterna, a quanto pare già per l’interessamento del pontefice Bonifacio VIII, al secolo Benedetto Caetani, che visitò Cisterna nel 1298 «attrattovi forse tra l’altro dalle facoltà divinatorie di certi porcari abitatori del luogo(1)». Il monumento ora esistente costituisce però solo il residuo della sua conformazione originaria, impiantata sino alla seconda guerra mondiale su tre corpi di fabbrica, quello sud attribuibile alle più antiche fasi costruttive, il centrale ruotante intorno al cortile interno quadrangolare, e in ultimo il corpo a nord, meno elevato. Come è noto i bombardamenti del secondo conflitto mondiale misero a terra molti edifici dell’antico centro pontino e danneggiarono pesantemente il corpo di fabbrica a sud, che crollò intorno al 1950.
Ma andiamo per ordine. 
Fin dall'inizio del secolo XV i Caetani intrapresero  lunghe trattative economiche e giuridiche per il pieno possesso di Cisterna, cruciale per la posizione dominante nei collegamenti tra lo Stato Pontifico ed il Regno di Napoli e potenzialmente trasformabile in ricca e preziosa fonte di reddito.  La completa proprietà venne conquistata però solo intorno alla metà del secolo, ma a seguito dei ripetuti saccheggiamenti e degli avventurosi e complicati avvicendamenti nella proprietà del sito, al principio dell’età moderna il paese era probabilmente controllato da una rocca assai danneggiata munita di torre in conci di selce e fortilizio con cisterna, tanto è che le fonti coeve così descrivono lo stato dei luoghi «il castro è diruto e inabitato, devono essere costruite e riparate case, muri e mura(2)».